Die befestigte Stadt wurde im 16. Jahrhundert vom Franziskaner Juan de San Miguel gegründet und erreichte ihre Blütezeit im 18. Jahrhundert. Die einige Kilometer vor der Stadt befindliche Jesús Nazareno-Kirche ist eines prächtigsten Beispiele barocker Kunst und Architektur in Neu-Spanien.
Zwischen 1521 und der Mitte des 16. Jahrhunderts bauten die Spanier ein Netzwerk von Wegen auf, die die unterschiedlichen Regionen Neu-Spaniens verbanden. Darunter war die „Royal Inland Road“, die von Mexiko-Stadt in die heutigen Südstaaten der USA führte. Die Ansiedlung von neuen Dörfern entlang der Route zielte darauf ab, potentielle Zentren zur Verteidigung, Kolonisierung des Terrains und zur Bereitstellung von Ressourcen für die neuen Minen zu schaffen. Im Jahr 1542 gründete der Franziskaner Juan de San Miguel das Indianerdorf San Miguel.
San Miguel befindet sich im als „Bajío“ bekannten Landstrich. Diese gewaltigen Prärien stellen aufgrund ihrer natürlichen Ressourcen, den fruchtbaren Böden und den milden klimatischen Verhältnissen die kostbarsten Regionen des Landes dar. All dies begünstigte seit Beginn der Kolonialisierung die Entwicklung von Bergbau, Landwirtschaft, Viehzucht, Handel und Industrie.
Ab Anfang des 19. Jahrhunderts spielte San Miguel eine bedeutende Rolle auf dem Weg zur mexikanischen Unabhängigkeit. Eine der Anführer der Unabhängigkeitsbewegung, Ignacio Allende, wurde in der zwischenzeitlich nach ihm benannten Stadt geboren. Die soziale und wirtschaftliche Entwicklung dieser Zeit spiegelt sich im Bau neuer öffentlicher Gebäude wider. Das bemerkenswerteste Beispiel ist die Fassade der Pfarrkirche neben dem Plaza de Armas, wo die Neugotik an einem Gebäude des 18. Jahrhunderts Einzug hielt.
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